位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level0”到“超能力Level5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量只要是法力之力，就连神的加护都能抹消的“幻想杀手ImagineBreaker”，而被评价为名字落在榜末孙山的后面考试或选拔没有录取的“无能力”，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时出于突发，突然出现的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被陷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在。如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使气运大为改变的“英雄”们。他们勇敢地站出来与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅op1（1-17集；独立计算）00:05-00:0900:35-00:3800:42-00:4301:22-01:24op2（18-26集；独立计算）01:02-01:1101:27-01:29第一集00:08-00:1701:06-01:0807:30-08:4113:12-15:4021:17-21:20第二集未出现第三集06:27-07:2113:01-13:05（手机屏幕出现名字）21:30-21:54第四集未出现第五集未出现第六集23:32-23:33（下集预告）第七集06:20-07:1814:02-15:50第八集23:31-23:33（下集预告）第九集02:42-06:10（当妈去死吧）23:30-23:31（下集预告）第十集03:35-05:00第十一集未出现第十二集23:34-23:36（下集预告）第十三集13:37-15:15第十四集未出现第十五集未出现第十六集未出现第十七集未出现第十八集00:22-00:4213:47-13:57第十九集23:33-23:34（下集预告）第二十集19:48-20:1923:35-23:40（下集预告）第二十一集21:13-23: