在太一一行告别数码世界后，数码世界并没有对人类关闭大门，但数码世界内部并没有长久的安宁，纷争又开始了。数码世界急需一群被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、苏娜等人都成为了初中生，没有太多的精力和时间与数码宝贝并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领军人物。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子配音）、井上京（夏木玲子配音）、保田伊织（夏木惠配音）等人。除了亚古兽和加布兽之外，还有新的数码宝贝也参与了战斗。于是，在第一代数码人的带领下，新数码宝贝和守护者们开始了与恶势力的斗争。姓名：元宫大辅英文名：MotomiyaDaisuke配音演员：木内玲子（日本）、卢素娟（香港）、曾佩仪（香港VCD）、王瑞琴（台湾）专长：英语、足球学校：台场小学年级：5年级（TV版）、6年级（剧场版4）暴龙颜色：蓝色铠甲：勇气、友情简介：太一是足球系的后辈，从太一那里得到了护目镜，很崇拜太一，喜欢小灯。成为商人，合伙人是V宝宝兽。姓名：井上京英文名：InoueMiyako声优：NatsukiLeo（日本）、詹雅静（台湾）陈凯婷（香港）、吴小艺（香港VCD）专长：电脑、数码音乐学校：台场小学（TV版）第二部更多侧重在数码宝贝世界的扩容，所以数码宝贝本身的战斗力一直是个谜。扩容:徽章的力量消失，数码宝贝不能超进化；装甲进化的存在为了对抗来自达高兽之海，被吸血魔兽带出来的黑暗之塔的力量；优纪夫为了进入数码宝贝世界被控制，创造黑暗种子，选择适合的人去传播黑暗之塔；因为相信而存在的力量，被选召的第二代开始战斗；六块圣石保护着数码宝贝世界的稳定，青龙兽拥有进化的力量；现实世界拥有通往数码世界的大门，初代机只可以打开此大门（这个不确定），确定存在的靠想象而存在的世界，达高兽的海，迪路兽的神圣尾戒可以促使数码宝贝合体进化等。第二部有个超越主角团的主线，吸血魔兽借优纪夫在数码世界栽培力量，逐渐破坏了数码世界的稳定，黑暗之塔造出的怪物，开花结果的黑暗种子，逐渐连接的两个世界。吸血魔兽蛊惑优纪夫，靠黑暗去实现他的理想，实则是吸血魔兽想要统治两个世界。糟糕的事情一步步发生，贝利亚吸血魔兽复活，普通数码宝贝无法应对，所以为了对抗他，而借用了所有被选召的孩子，也就是相信数码宝贝存在的孩子的力量。因为相信梦想的力量，可以打败黑暗。因为侧重点不同，两部观感还是有所区别，就人物上，还是喜欢有领导力的太一、聪明冷静